Metafer yazılımına dayalı akıllı tarama çözümüyle MetaSystems, doku kesitleri gibi daha büyük mikroskobik örnekleri sayısallaştırmak, analiz etmek ve paylaşmak için kapsamlı bir araç kutusu da sunar. Daha büyük görüntülerin kompozisyonu için özel yazılım modülü VSlide, gelişmiş algoritmalar kullanarak bir slaydın yüksek kaliteli dijital kopyalarını oluşturur. Bu tür görüntüler, odak yığınları, hücrelerin konumu hakkında bilgi gibi meta veriler ve farklı kaynaklardan alt görüntüler sağlayabilir. VSViewer görüntüleyici modülünde, kullanıcılar kendi ek açıklamalarını oluşturabilir, ardışık doku kesitlerini eşleştirebilir, ana görüntüden anlık görüntüler oluşturabilir, aynı ekranda farklı renk kanallarını ayrı ayrı görüntüleyebilir ve kontrast iyileştirme algoritmaları uygulayabilir. Metafer yazılımındaki araçlar, kullanıcıların doku mikro-dizi çekirdeklerini yorumlamasına izin verir.
VSlide yazılımı ile akıllı tarama, motorlu bir mikroskobun avantajlarını modern, yüksek kaliteli görüntüleme otomasyonu ile birleştirir. Akıllı tarama iş akışı, büyütme veya kontrast modlarıyla ilgili olarak kısıtlanmaz. Herhangi bir mikroskop özelliğinden faydalanabilir ve farklı yöntemleri akıllı bir tarama iş akışında birleştirebilir. Z-yığınları bile otomatik olarak alınır ve görüntü dosyalarında depolanır, böylece kullanıcılar sayısallaştırılmış örnek aracılığıyla sanal olarak "odaklanabilir".
Metafer ile görüntüleme çok kolaydır. Metafer yazılımı tarafından yönetilen tarama sistemi, barkod etiketlerini otomatik olarak okuyarak yorumlar ve koddaki bilgilere göre taramayı yapılandırır. Ön taramalar, parlak alanda, iletilen ışıkta, karanlık alanda veya diğer herhangi bir kontrast yönteminde doku tespitini kolaylaştırır. Yüksek çözünürlüklü bir tarama, ön taramada elde edilen uzamsal verilere dayalı olarak otomatik olarak veya araştırmacı tarafından etkileşimli olarak belirlenen seçili bölgelere eklenebilir.
Tarama çalışırken arka planda sanal slayt görüntüsü otomatik olarak oluşturulur. Parametre setleri, kullanılan renk kanallarını ve nihai görüntünün dosya formatını tanımlar. Kaynak görüntü dosyaları saklandığından, diğer parametrelerle yeni sanal slaytlar istenildiği zaman yeniden oluşturulabilir. VSlide kullanıcıları, kapsamlı, tescilli VSI formatı da dahil olmak üzere çeşitli çıktı dosyası formatları arasından seçim yapabilir. VSI görüntüleri, renk kanalı ayrıntıları, odak yığınları ve ek açıklamalar dahil olmak üzere tüm ilgili görüntü bilgilerini içerir. Yerel ağda, VSI görüntüleri çok yönlü görüntüleyici modülü VSViewer ile okunur.
Bir VSI dosyası oluşturulduğunda, orijinal olarak elde edilen görüntü döşemelerinin tüm uzamsal bilgileri erişilebilir durumda kalır. Bu, herhangi bir numune bölgesinin mikroskop altında hassas bir şekilde yeniden konumlandırılmasına izin verir. Ayrıca seçilen bölgelerin daha sonra farklı tekniklerle elde edilmesi mümkündür. Bu benzersiz özellik, sınırsız sayıda akıllı iş akışı kurmanıza olanak tanır. İlgi alanları (örn. H&E bölümündeki tümör bölgeleri) görüntüleyici modülünde kolaylıkla işaretlenebilir. Hedef bölgelerin bir listesi mevcut olduğunda, diğer büyütmeler, kontrast yöntemleri veya diğer tarama parametreleri ile herhangi bir zamanda yeniden taranabilirler. Bölgelerin seçimi uzaktan bile yapılabilir ve VSViewer'ın doku eşleştirme aracı, örneğin sonraki doku kesitlerinde aynı bölgenin görüntülenmesi için bölgelerin başka bir örneğe transferini kolaylaştırır.
Metafer yazılımı kullanılarak taranan dijital numuneler için ücretsiz görüntüleme modülü VSViewer, görüntü verilerine ağ erişimi olan herhangi bir Windows bilgisayara kurulabilir. Basitleştirilmiş, modern kullanıcı arabirimi, gizlenebilen, simge durumuna küçültülebilen, pencere köşesine oturtulabilen veya masaüstünde serbestçe düzenlenebilen kullanışlı araç çubukları tarafından sunulan tüm alışılagelmiş görüntüleme araçlarını sunar. Kaydırma ve yakınlaştırma, fare ve fare tekerleği ile yapılır.
VSViewer, görüntü meta verilerini görüntülemek için birçok seçeneğe sahiptir. Örneğin, geçerli slayt koordinatları görüntü üzerinde ızgaralar olarak görselleştirilebilir. Ayrıca, tek orijinal kamera görüntüleri olan görüş alanlarının (FOV) konumu, görüntüye bir kaplama olarak gösterilebilir. Ekranın alt kısmındaki gezinme çubuğu her zaman o anda gösterilen numune konumu hakkında bilgi sağlar. Bu, geçerli büyütmeyi, yakınlaştırma faktörünü, odak seviyesini (mevcut görüntü odak yığınları içeriyorsa) ve pencere merkezinin kaydırma koordinatını içerir. Hızlı erişim düğmeleri, belirli bir büyütmeyi seçmeye, görüntünün tamamını görüntülemeye ve odak seviyelerine erişmeye olanak tanır. Elbette, tüm görüntünün küçük resmini ve geçerli bölümün bir göstergesini gösteren bir gezgin araç çubuğu da vardır.
İki ek açıklama araç çubuğu, ilgilenilen bölgelerin vurgulanmasını kolaylaştırır. 'Tarama Bölgeleri' araç çubuğu, numunenin seçilen bir bölümünün bir sonraki taramasını hazırlamak için kullanılır. Hedef bölgenin hızlı bir şekilde seçilmesi, doğrudan Metafer SCAN yazılımı tarafından okunan bir açıklama dosyası oluşturur. 'Açıklamalar' araç çubuğu, görüntüdeki öğelere açıklama eklemek ve bunları vurgulamak için kapsamlı bir araç yelpazesi sunar. Mevcut görüntü, Metafer MetaCyte yazılımıyla etkinleştirilen bir nesne aramasından geliyorsa , algılanan nesneleri orijinal çevrelerinde görselleştirmek ve elde edilen herhangi bir analiz sonucuna göre gruplandırmak bile mümkündür.
Görüntü penceresi en fazla dört birleştirilmiş bölüme ayrılabilir. 'Kanallar' araç çubuğu ile her bir alt pencereye farklı görüntüleme parametreleri atamak mümkündür. Böylece görüntünün aynı bölümünü farklı renk kanalları, bindirmeler ve kontrastlarla görselleştirmek mümkündür. Ayrıca, kaydırma ve yakınlaştırma için birleştirilebilen iki VSViewer yazılım örneğinde, örneğin sonraki doku kesitlerinden iki farklı görüntüyü açmak mümkündür.
Herhangi bir görünüm, anlık görüntü olarak standart görüntü dosyası formatlarına (TIFF, JPG, BMP, GIF) aktarılabilir. Anlık görüntüler, büyütme cetveli, ek açıklamalar, FOV göstergeleri ve hatta bir yorum gibi ek veriler içerebilir. Ek olarak, görüntünün alıntıları etkileşimli olarak veya koordinatlarına göre tanımlanabilir ve daha sonra ayrı bir görüntü olarak kaydedilebilir.
MetaSystems, patoloji laboratuvarının rutin iş akışına entegre edilecek hibridizasyon ve görüntüleme araçlarından oluşan akıllı bir tarama iş akışı tasarladı. Bu çözümün temeli, Metafer yazılımı tarafından kolaylaştırılan yenilikçi tarama ile doku kesitleri için ayrılmış DNA problarının , birçok seçeneğe sahip esnek ve sağlam bir slayt taramasıyla birleştirilmesidir. Metafer SCAN yazılımı tarafından yönetilen entegre tarama sistemi, parlak alan ve floresanda otomatik olarak sanal slaytlar oluşturur, yüksek çözünürlüklü FISH görüntüleri alır ve otomatik bir skor sağlar. Otomatik bir barkod okuyucu ve 800'e kadar numune için sağlam SlideFeeder x80 ile donatılan cihaz, 7/24 modunda çalıştırılabilir.
Prosedürlerin zahmetli doğası, numune materyalinin kıtlığı ve rutin klinik patolojide teşhis için reaktiflerin maliyetindeki sınırlamalar, yüksek verimli çözümlere olan ilgiyi artırmıştır. Doku mikro-dizisi (TMA) tekniği, parafine gömülmüş dokulardaki ilgili bölgelerden küçük doku çekirdekleri elde ederek, bunları dizi benzeri bir tarzda bir araya getirerek ve bunları mikroskopi için standart bir cam slayda monte ederek bu sorunları giderir. Bu çekirdeklerin her biri daha sonra bağımsız bir analiz durumunu temsil eder.
Numunelerin özel düzeni nedeniyle, TMA'nın otomasyonu aşağıdaki hususlara göre yapılmalıdır:
Metafer yazılımı, TMA analizi için entegre araç ve numune sayısallaştırma yazılımı tarafından kolaylaştırılan tarama özelliklerinin benzersiz kombinasyonu ile MetaSystems, hassas ve zahmetsiz otomatikleştirilmiş TMA analizleri için eksiksiz bir paket sunar. Bir doku mikrodizisi (TMA) oluşturulduktan sonra düzeni, sıra başına çekirdek sayısı, dizideki sıra sayısı, çekirdeklerin çapı ve çekirdeklerin mesafesi ile ifade edilebilir. Entegre Metafer TMA aracında bu değerler, analiz için temel olarak kullanılan bir TMA harita dosyası oluşturmak için kullanılabilir. Ek olarak, her çekirdek benzersiz bir tanımlayıcı alabilir.
Geçerli slaydın bir haritasını oluşturmak için düşük büyütmede hızlı bir ön tarama kullanılır. Ön taramanın sonucu, TMA haritasıyla yan yana görüntülenir ve esnek bir ızgarayla, herhangi bir uzamsal sapmayı düzeltmek için gerçek görüntü haritayla eşleştirilebilir. Eksik veya geçersiz çekirdekler bu arayüzde işaretlenebilir. Onay üzerine TMA aracı, verileri her bir çekirdeğin tam konumlarını ve ayrıca çekirdek tanımlayıcılarını içeren bir konum listesine dönüştürür. Tarama iş akışı artık her çekirdeği yeniden konumlandırmaya ve çekirdek görüntüleri alıp analiz etmeye hazır. Görüntü birleştirme yazılımı varsa, çekirdek görüntüler arka planda otomatik olarak oluşturulur ve tüm TMA'nın genel bir görüntüsü oluşturulur.
